היהודים הראשונים הגיעו לקובנה בסוף המאה ה- 14 כשבויי מלחמה.
מאוחר יותר החלו יהודים מפולין ואוקראינה לבוא לקובנה לשם מסחר, ובמשך הזמן התיישבו בה. עיסוקם במסחר עורר את קנאת הסוחרים הלא-יהודים, ואלה לחצו על השלטונות לגרשם. במאה ה- 18 גורשו היהודים מקובנה פעמיים, ולקראת סוף המאה (1782) הורשו לחזור אליה. כשגורשו, נמלטו לסלבודקה (שנקראה ווילימפול בידי הליטאים), פרוור שכן. אמנם היה כבר יישוב יהודי בסלבודקה בימי הביניים, אך הוא גדל בעיקר בעקבות גירושי היהודים מקובנה, או כשיהודים בקובנה נתקלו בהתנגדות קשה, גם אם לא ממש גורשו. כך קרה שנוצרו שני מרכזים יהודיים חשובים - האחד בעיר הגדולה, קובנה, והשני באחד מפרווריה, סלבודקה. עם חלוקתה השלישית של פולין (1795) סופחה ליטא לרוסיה, וקובנה הפכה לעיר מחוז בפלך וילנה.
בשנת 1864 היו בקובנה 16,540 יהודים, והתקיימו בה מוסדות קהילה כגון בתי כנסת ומוסדות צדקה וחסד. זו הייתה גם שנת תחילת כהונתו של רבה המפורסם, הרב יצחק אלחנן ספקטור. הוא הנהיג את קהילת קובנה במשך 32 שנה, והטביע את חותמו בשטחים רבים. הוא היה פוסק גדול אשר כתב שו"תים רבים, במיוחד בנושא עגונות, אשר יגע רבות כדי להתירן. פעילותו בקרב השלטונות היתה רבה - הוא הצליח לבטל את גזירת איסור השחיטה, וכמו כן קיבל רישיון שניתן לקהילות להקים מטבחים כשרים לחיילים יהודיים. הוא תמך בתנועת "חיבת ציון", וב- 1890 פרסם את דעתו בעניין גודל מצוות יישוב ארץ ישראל. במחלוקת בנושא השמיטה שהתעוררה ביישובי העלייה הראשונה נימנה עם המתירים, והציע את פתרון מכירת אדמות ארץ ישראל לנכרים. הוא היה גם הרב היחיד שהוזמן לכנס המנהיגים היהודיים בפטרבורג לדיון במצב יהודי מזרח אירופה לאור הפרעות והגזירות האנטישמיות. ייחודו היה בכך שהיה בראש ובראשונה פוסק גדול, אך היה גם מנהיג ציבורי בעל קשרים חיוביים עם קשת רחבה של יהודים, ואף עם השלטונות הלא-יהודיים.
כפי שנכתב לעיל, במקביל לקהילת קובנה צמח יישוב יהודי חשוב בסלבודקה השכנה. מצד אחד הייתה סלבודקה פרוור העוני של קובנה, אך מצד שני הייתה זאת דווקא היא שהטביעה חותם בל יימחה על העולם התורני, זאת בעיקר בעקבות ישיבתה המפורסמת "כנסת ישראל".
להרחבה על ישיבת סלבודקה לחץ כאן
מסלבודקה נחזור לקובנה, העיר המרכזית. לקראת סוף המאה ה- 19 ותחילת המאה ה- 20 גדלה הקהילה מבחינה מספרית ומבחינת הפעילות. ב- 1897 היו בה 25,441 יהודים, ב- 1908 32,628 (40% מהאוכלוסיה), וערב מלחמת העולם הראשונה 40,000 (כמעט מחצית התושבים). היא הפכה מרכז לזרמים יהודיים שונים. הסופר אברהם מאפו, מאבות הספרות העברית החדשה, פעל בה (אם כי נולד בסלבודקה). התקיימו בה כינוסים יהודיים כלל-ארציים (ב- 1869 וב- 1909). במלחמת העולם הראשונה חלה טלטלה במצב היהודים. עם פרוץ המלחמה (אוגוסט 1914) עברו רבים מיהודי קובנה לוילנה בתקווה שמצבם שם יהיה טוב יותר (אך בשלב זה עדיין לא גורשו מקובנה). במאי 1915 גורשו מקובנה על ידי מצביא צבא רוסיה, גירוש שבוצע תוך 24 שעות באכזריות רבה. באוגוסט 1915 נכבשה קובנה על ידי הגרמנים, ויהודי קובנה התחילו לחזור למקומותיהם הקודמים, אולם מצאו את בתיהם הרוסים או תפוסים. החיים תחת השלטון הגרמני לא היו קלים וכללו עבודות כפיה, שהוחלפו מאוחר יותר בעבודות ציבוריות. נציגי יהדות גרמניה שהגיעו לקובנה עם הצבא הגרמני השתדלו להקים את הריסותיה של קהילת קובנה. דוגמה לכך היא הצייר הרמן שטרוק, אשר הקים בקובנה בית חרושת לייצור נעליים בססמה "תמיכה באמצעות תעסוקה". דוגמה שנייה היא הפדגוג ד"ר ליאו דויטשלנדר, אשר הקים בית ספר יהודי בשפה הגרמנית שהפך לבית ספר תיכון עברי עם שחרור העיר.
בין שתי מלחמות העולם
התקופה הגרמנית נגמרה ב- 1918, עם נסיגת הגרמנים מליטא ותבוסתם במלחמה. עוד לפני סוף המלחמה (בפברואר 1918), הכריזה ה"טאריבה" (המועצה) הליטאית, שהיו בה גם נציגים של הקהילה היהודית בקובנה, על הקמת המדינה הליטאית, אך להכרזה זו לא היה תוקף מעשי כי המלחמה עדיין לא נגמרה. אנשי הטאריבה הליטאית היו מעוניינים בתמיכת היהודים במאבקם לעצמאות, לכן היטו אוזן לדרישות היהודים לאוטונומיה שתתממש כשליטא תזכה בעצמאות. אמנם, עם כינון מדינת ליטא העצמאית הוקמה אוטונומיה יהודית מקיפה, אשר כללה סמכויות רבות בשטחים פוליטיים, קהילתיים, חינוכיים, תרבותיים וכלכליים. בקובנה, אשר הפכה לעיר הבירה של ליטא העצמאית (וילנה עברה לשלטון פולין), הייתה הקהילה היהודית הגדולה ביותר בליטא. נוסף לגודלה הטבעי, סופחו אליה כמה פרוורים סמוכים, אשר היו מעין עיירות עצמאיות לפני מלחמת העולם הראשונה, ביניהם סלבודקה.
האוטונומיה היהודית פעלה באמצעות "המיניסטריון לענייני יהודים", אשר מרכזו היה בקובנה. הוא פיקח על פעולות הקהילות בליטא. מ- 1919 ועד לחיסול האוטונומיה היהודית נערכו בחירות לוועד הקהילה המרכזי כל שנתיים. בבחירות הראשונות זכו הציונים ("המזרחי" כלול בתוכם) במקום הראשון, רשימת "אחדות" ("אגודת ישראל" ו"צעירי אגודת ישראל") במקום השני, והיידישיסטים במקום השלישי. ועדי הקהילות פעלו עד 1926, כשהתרחשה הפיכה ימנית קיצונית, אשר כתוצאה ממנה בוטלה האוטונומיה היהודית המדינית (וגם האוטונומיה של המיעוטים האחרים בליטא). האוטונומיה החינוכית-תרבותית נמשכה עד 1940, ובשנה זו בוטלה כליל על ידי הסובייטים.
בשנות פעילותו (1919-1926) היה ועד הקהילות המרכזי פעיל ביותר, והקיף את רוב תחומי החיים היהודיים בליטא בכלל, ובקובנה בפרט, כעיר היהודית (והכללית) המרכזית ביותר בליטא העצמאית. ההכנסות לוועד הקהילה המרכזי באו ממיסים שהוטלו על בעלי הבתים ובעלי העסקים היהודיים, כמו כן מתשלומים ששולמו עבור תעודות ואישורים שונים שניתנו על ידי ועדי הקהילות המקומיים, וגם משכר דירה מנכסים השייכים להם. את הכוח להטיל מיסים על חבריהם קיבלו ועדי הקהילות באופן רשמי מחוק שהועבר על ידי הממשלה הליטאית בראשית שנת 1920. היות שהאוטונומיה הוענקה ליהודים על ידי ממשלת ליטא, ראו היהודים חשיבות רבה בקיום נציגות בסיים הליטאי (הגוף המחוקק) ובמועצת העיר של קובנה. בבחירות למועצת העיר של קובנה בשנת 1921 נבחר יהודי לתפקיד סגן ראש העירייה (יוסף רוגינסקי), ויהודי אחר לתפקיד יושב ראש מועצת העירייה (ד"ר משולם וולף). היהודים היו מיוצגים בכל הוועדות העירוניות החשובות, כמו כן היו פקידים יהודיים רבים בעירייה. הצד השני של המטבע הוא שהייתה אווירת אנטישמיות ולאומנות ליטאית (על חשבון המיעוטים, והיהודים בתוכם), אשר גדלה עם הזמן והגיעה לשיאה עם הפיכת 1926 שהוזכרה לעיל, ואשר בה חוסל המשטר הדמוקרטי בליטא. כפי שנכתב לעיל הייתה קובנה בין שתי מלחמות העולם לא רק עיר הבירה של ליטא העצמאית, אלא הַמרכז בהא הידיעה של קובנה הליטאית בכלל, והיהודית בפרט. להלן תיאור התמונה הממחישה זאת:
מבחינה כלכלית חברתית: על פי סקר של 1931, 75% מבתי העסק והחנויות בקובנה היו בידי יהודים, כמו כן 70% ממפעלי התעשייה הקלה. היה בקובנה איגוד בעלי מלאכה יהודיים. הוא הפעיל קופה להלוואות קטנות ללא ריבית, כמו כן קיים קורסי ערב ללימוד ליטאית ונתן ייעוץ בענייני מיסים - כל זאת כדי לעזור ליהודים להשתלב בכלכלה הליטאית. אמנם, בקובנה התקיימו מפעלי התעשייה והסחר החשובים ביותר של יהודי ליטא. כמו כן, היה בקובנה בנק יהודי קואופרטיבי מרכזי, וגם בנקים עממיים שמרכזם היה בקובנה. נוסף לכך היו בקובנה בית יתומים ובית חולים יהודיים, מרכזי "אורט", "אז"ע", "היא"ס" וסניפים מרכזיים של כל המפלגות היהודיות בליטא.
